ACMG 胚系变异分类与致病性评级
2015 年 ACMG 与 AMP 联合发布的序列变异解读指南，是孟德尔遗传病胚系变异分类最常用的框架。它把证据分为致病方向 16 条（PVS1、PS1–PS4、PM1–PM6、PP1–PP5）和良性方向 12 条（BA1、BS1–BS4、BP1–BP7），每条带强度等级，按组合规则把变异分为致病、可能致病、意义未明（VUS）、可能良性和良性五级。证据来自人群频率、变异类型、计算预测、功能实验、共分离和文献，ClinGen 又陆续发布了细化规则。本页为科研方法介绍，不替代临床遗传咨询和诊断。
什么时候用
- 罕见病 WES 或 WGS 候选变异的系统化致病性评估
- 遗传性肿瘤易感基因（如 BRCA1、BRCA2）胚系变异的解读
- 整合家系数据和功能实验，判断 VUS 能否升级或降级
- 对已发表变异或 ClinVar 中存在冲突的记录重新评估
- 科研报告中用统一标准汇总候选变异的证据
不适合的情况
- 肿瘤体细胞突变：应使用 AMP/ASCO/CAP 的体细胞变异分级体系
- 拷贝数变异：应使用 ACMG 与 ClinGen 的 CNV 评分标准，规则不同
- 复杂性状风险位点和药物基因组变异：五级框架针对单基因病设计
需要准备的数据
- 标准化后的注释结果
- 包含基因、MANE 转录本、HGVS、后果类型、各人群频率和预测分数；注释质量决定证据能否正确触发
- 表型与遗传模式
- 患者表型（最好用 HPO 术语）、疑似遗传模式和发病年龄，用于判断基因与疾病是否匹配
- 家系数据
- 父母及其他成员的基因型，用于判断新发突变、隐性病中的反式位置以及共分离
- 文献与数据库证据
- ClinVar 记录及审核星级、文献中的病例和功能实验，以及 ClinGen 基因-疾病有效性评级
分析步骤
- 1
确认基因与疾病关系
先看该基因与患者表型对应疾病的关联强度和遗传模式。ClinGen 基因-疾病有效性评级为有限或存在争议时，即使变异看似有害，也应谨慎给出致病结论。
- 2
人群频率证据
按疾病患病率、外显率和遗传模式估算可接受的最高等位基因频率，超过则用 BS1，频率超过 5% 用 BA1；对照人群中缺失或极罕见可用 PM2，ClinGen 建议按辅助强度使用。
- 3
变异类型证据
无义、移码、经典 ±1 或 ±2 剪接位点等功能缺失变异，在功能缺失为已知致病机制的基因中可用 PVS1，并按 ClinGen 决策树根据是否触发 NMD、是否影响关键区域调整强度。
- 4
计算与功能证据
错义变异按经过校准的预测工具分值使用 PP3 或 BP4；有可靠功能实验支持时用 PS3 或 BS3。同一类计算证据只计一次，多个预测工具结论一致也不能叠加计分。
- 5
家系与病例证据
确认亲生父母身份的新发变异用 PS2，未确认用 PM6；隐性病中与已知致病变异处于反式用 PM3；多名患病成员共分离用 PP1，强度可随分离次数增加而上调。
- 6
组合证据并分级
按原指南组合规则或 ClinGen 的贝叶斯评分制汇总证据，得到五级分类。逐条记录每条证据的使用理由和强度调整，便于他人复核和日后复评。
- 7
复评与更新
VUS 会随新文献、新病例和数据库更新而改变分类，应定期复评。与 ClinVar 中他人结论冲突时，逐条比较双方使用的证据，找出分歧来源。
关键参数与决策
证据强度调整
指南允许按证据充分程度上调或下调强度，例如落在 NMD 逃逸区的截短变异，PVS1 可降为强或中等。调整必须有明确理由，并优先参考 ClinGen 的相关规则。
评分制换算
ClinGen 评分制中辅助、中等、强、极强证据分别计 1、2、4、8 分，良性证据计负分；合计 ≥10 为致病，6 到 9 可能致病，0 到 5 为 VUS，-1 到 -6 可能良性，更低为良性。
频率阈值
BA1 一般为 5%，部分基因专家组设定了更低值；BS1 的阈值需根据疾病患病率、遗传异质性和外显率计算，不同疾病差异很大，不宜套用单一数值。
基因特异规则
ClinGen 变异解读专家组（VCEP）已为 MYH7、PTEN、CDH1 等基因发布特定规则，覆盖到的基因应优先采用这些规则，而不是只用通用标准。
计算预测阈值
ClinGen 对 REVEL、BayesDel 等工具做过校准，给出对应辅助、中等乃至强证据的分值区间。选定一个经过校准的工具使用 PP3 或 BP4，不要同时计入多个工具。
常见错误
- 把 PM2 按中等强度叠加：多数致病变异在人群中都很罕见，按原强度使用会让大量变异被高估为可能致病。
- 在非功能缺失致病的基因上用 PVS1：对以功能获得或显性负效应致病的基因，截短变异并不必然致病，会造成错误升级。
- 多个预测工具重复计分：SIFT、PolyPhen-2、CADD 结论一致也只能算一次 PP3，叠加计分违背指南，会系统性高估错义变异。
- 直接把 ClinVar 结论当证据：ClinGen 已建议不再使用 PP5 和 BP6，应查看原始提交的证据并自行评估。
- 把 VUS 当作阳性或阴性：VUS 表示证据不足，既不能用来确诊，也不能用来排除，报告中应单列并说明还需要哪些证据。
结果怎么看
证据汇总表
每个变异一行，列出触发的证据代码、强度、依据来源和最终分级。复核时重点检查强证据是否依据充分，以及是否存在同类证据重复计分。
五级分类结果
统计致病、可能致病、VUS、可能良性、良性的变异数并列出清单。指南将可能致病定义为致病把握大于 90%；候选中 VUS 占多数是常态，不说明分析有误。
证据冲突列表
同时触发致病与良性证据的变异。按原组合规则这类变异通常判为 VUS，用评分制可以看两者相抵后的方向，需要人工审阅冲突证据的来源和可靠性。
与 ClinVar 对比表
列出自评结论与 ClinVar 已有结论及审核星级。相差两级以上（如自评可能致病而 ClinVar 为良性）时，应重点复查人群频率和基因-疾病关系。
和相近方法怎么选
ACMG 分类与变异注释
注释自动为变异附上频率、后果和预测分数；ACMG 分类在此基础上结合表型、家系和文献判断证据强度，其中 PS3、PP1、PM3 等证据无法从注释中自动得到。两者是前后衔接的两个步骤。
自动化工具与人工评估
InterVar 等工具可按规则批量给出初步分类，适合大量变异的初筛；但它们难以处理基因特异规则、功能证据和家系信息，结果只能作为人工复核的起点。
ACMG 胚系分类与 AMP 体细胞分级
ACMG 判断变异是否导致单基因病；AMP/ASCO/CAP 体细胞体系按临床意义分为四级，关注诊断、预后和用药价值。肿瘤研究中两套体系分别用于胚系变异和体细胞突变。
常见问题
VUS 是什么意思，需要担心吗？
VUS 即意义未明变异，表示现有证据既不足以判为致病，也不足以判为良性。它不是阳性结论，不应据此做临床决策。随着病例和功能数据积累，VUS 会被重新分类，已重新分类的 VUS 中多数被降为良性或可能良性。
ACMG 的 28 条证据怎么组合成结论？
原指南给出组合规则，例如 1 条极强证据加至少 1 条强证据判为致病，1 条极强加 1 条中等判为可能致病。规则组合覆盖不到的情况，可用 ClinGen 评分制把各强度换算成分数相加判断。
InterVar 的结果可以直接用吗？
可以作为初筛参考，但需要人工复核。InterVar 能根据注释自动判断部分证据，而 PS2、PS3、PP1、PM3 等依赖家系和文献的证据需要人工补充，PVS1 等的强度也需要按 ClinGen 规则手动修正。
可能致病和致病有什么区别？
指南把可能致病定义为致病把握大于 90%，致病则证据更充分。科研报告中两者常合并为致病或可能致病，作为阳性候选，但应保留原始分级，便于读者判断证据强度。
ACMG 标准适用于 CNV 吗？
序列变异的 28 条证据不直接适用于 CNV。拷贝数变异有 ACMG 与 ClinGen 联合发布的评分标准，按 CNV 覆盖的基因内容、剂量敏感性、文献病例和遗传模式等维度计分后分级。
在 Codar 里怎么做
在 Codar 的生信模式中提供候选变异和表型信息，Codar 会先确认基因、转录本和遗传模式，再检索人群频率、ClinVar 记录和文献等临床变异证据，按 ACMG 与 AMP 胚系变异分类规则逐条判定并给出五级分类，标出需补充的家系或功能证据。交付证据汇总表、分类结果、报告和可复现脚本。
先证者 WES 筛出 5 个候选变异，表型为扩张型心肌病，父母已测序，帮我按 ACMG 标准逐条评估证据并给出分类。