生信分析方法教程
154 篇方法教程,按研究方向整理。每篇讲清一种分析方法:什么时候用、需要什么数据、怎么做、关键参数怎么设、常见错误和结果图怎么读,以及在 Codar 生信模式里怎么完成。
测序与组学
群体遗传学
表观基因组学
转录组学
单细胞与虚拟细胞
- 单细胞 CNV 推断与恶性细胞识别
- 单细胞差异表达与差异丰度分析
- 单细胞公共数据检索与再分析(CELLxGENE)
- 单细胞降维与聚类:PCA、UMAP 与 Leiden
- 单细胞批次效应校正与多样本整合
- 单细胞数据质控:双细胞、环境 RNA 与线粒体比例
- 单细胞细胞类型注释:Marker 与自动注释
- 单细胞细胞通讯分析(CellChat、LIANA)
- 单细胞细胞周期与基因集评分
- 伪时间轨迹分析(Monocle3、Slingshot)
- 虚拟敲除与扰动预测(虚拟细胞模型)
- CITE-seq 与单细胞多组学联合分析
- Perturb-seq 单细胞 CRISPR 扰动分析
- RNA 速度分析(scVelo、CellRank)
- scATAC-seq 单细胞染色质可及性分析