转录组学
Bulk RNA-seq 差异表达、可变剪接、融合转录本检测、RNA 修饰位点和非编码 RNA 分析。
BioCodar 生信模式
AI 生信分析从研究问题到可复现结果
在科搭 Codar 里切换到生信模式，用一句话描述研究问题。Codar 会和你确认数据与分析方案，下载公开数据或读取本地文件，运行质控、聚类、注释、差异表达等分析，最后交付图表、统计表、报告和脚本。
覆盖主要组学方向
生信插件市场已有 25 个插件、500 多个 Skills 和 24 个 MCP 服务，覆盖从测序数据到临床研究的主要方向。
单细胞
质控、聚类、细胞类型注释、注释方法对比和伪 bulk 差异表达，下方 4 个案例都是单细胞分析。
四步完成一次分析
- 1
切换到生信模式
在左上角选择 Codar 生信，新建对话，用一句话写清研究问题和数据。
- 2
确认分析方案
Codar 会确认数据集、分组、比较方式和统计标准，确认后生成执行计划。
- 3
自动执行
下载数据、准备环境、运行分析脚本。中途中断时输入“继续运行”，会从已完成的位置恢复。
- 4
查看交付
在结果区预览报告、图表、统计表和脚本，也可以导出整个项目。
可以这样提问
以下都是真实案例里使用的原始任务。
真实案例，每一步都可复查
下面四个案例都在 Codar 生信模式中完成。每篇文档都附有任务原文、操作步骤、结果图和统计表，可以照着复现。
单细胞 · 免疫图谱健康人 PBMC 免疫图谱
10x Genomics PBMC 3k 数据：质控、Leiden 聚类、细胞类型注释与 Marker 验证。
阅读案例
单细胞 · 细胞注释PBMC 细胞注释一致性
CellTypist、SingleR 与经典 Marker 三种方法交叉比较，量化一致率、κ 与 ARI。
阅读案例
单细胞 · 差异表达IFN-β 刺激后 PBMC 响应
GSE96583，8 名供体配对伪 bulk 分析：CD14+ 单核细胞响应最强，35 个基因在 7 类细胞中共同上调。
阅读案例
肿瘤 · 生存分析肺腺癌铜死亡转录亚型
GSE131907 恶性细胞 NMF 分型，结合肿瘤微环境分析，并在 TCGA-LUAD 队列中探索生存关联。
阅读案例常见问题
需要会写代码吗？
不需要自己写。Codar 会根据确认后的方案生成并运行分析脚本，同时保留脚本和中间文件，方便复查和修改。
可以直接用 GEO 公开数据吗？
可以。案例中直接使用了 GEO 和 10x Genomics 的公开数据集，也可以分析你自己的本地数据文件。
分析在哪里运行？
默认在你的电脑上运行，数据和结果保存在本地项目中；需要更大算力时，专业版可以通过远程 SSH 在服务器上执行。对话内容会发送给你所选择的模型服务处理。
结果能直接用于论文吗？
Codar 会保留方法、参数、统计标准和可复现脚本，便于复查。用于投稿前，结论和图表仍需要你结合专业判断审核。
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